هي الظواهر والأحداث التي ليس للإنسان علاقة بحدوثها ، وتُلحق الضرر بالأنظمة البيئية.
تتعرض الأنظمة البيئية إلى أخطار طبيعية تؤثر فيها بطرائق متعددة ، ومن هذه الأخطار :
الزلالزل
يسمى الاهتزاز المفاجئ لسطح الأرض الزلزال. وقد ينتج عنه تدمير بعض الأنظمة البيئية.
البراكين
تندفع الصخور المنصهرة من باطن الأرض عبر فتحة إلى السطح تُسمى البركان ، وينجم عنه تلوث الهواء ، وحرق النباتات ، وقتل كائنات حية أخرى في تلك الأنظمة البيئية.
الفيضانات
يحدث الفيضان عندما تُغطي الأرض بالماء ، وينتج ذلك بسبب سقوط الأمطار الغزيرة مُددا زمنية طويلة ؛ مما يسبب انجراف التربة وموت معظم النباتات والكائنات الحية الأخرى التي تعيش في الأنظمة البيئية.